Γεννήθηκε και μεγάλωσε στην Αθήνα. Ξεκίνησε την επαγγελματική του θητεία στο τραγούδι το 1990, τραγουδώντας ρεμπέτικα και λαϊκά.
Ο πρώτος του προσωπικός δίσκος κυκλοφόρησε το 1996 «ΑΘΩΟΣ ΕΝΟΧΟΣ» σε μουσική του Παναγιώτη Καλαντζόπουλου και της Ευανθίας Ρεμπούτσικα και στίχους του Άρη Δαβαράκη.
Ακολουθούν: το 1997 «ΜΟΝΟ ΕΝΑ ΦΙΛΙ» (Δύο φορές πλατινένιο) σε μουσική της Ευανθίας Ρεμπούτσικα και στίχους της Ελένης Ζιώγα, το 1999 «ΦΥΛΑΚΑΣ ΑΓΓΕΛΟΣ» (Πλατινένιο) σε μουσική του Αντώνη Μιτζέλου και στίχους της Ελένης Ζιώγα, το 2000 «ΕΙΝΑΙ ΔΙΚΗ ΜΑΣ Η ΖΩΗ ΜΑΣ» (Χρυσό) σε μουσική Ευανθίας Ρεμπούτσικα και στίχους του Άρη Δαβαράκη, το 2001 «ΕΦΑΠΑΞ» (CD single, χρυσό) σε μουσική του Λαυρέντη Μαχαιρίτσα και στίχους του Ισαάκ Σούση, το 2002 το διπλό CD «ΓΙΑΝΝΗΣ ΚΟΤΣΙΡΑΣ LIVE» που μέσα σε λίγους μήνες από την κυκλοφορία του ξεπέρασε τις 120.000 σε πωλήσεις, το 2003 το «ΞΥΛΙΝΟ ΑΛΟΓΑΚΙ» σε μουσική του Λαυρέντη Μαχαιρίτσα και σε στίχους του Ισαάκ Σούση (Πλατινένιο) και το DVD με τίτλο «ΤΙ ΤΡΑΓΟΥΔΙ ΝΑ ΣΟΥ ΠΩ». Το 2004 κυκλοφόρησε το «30 κάτι» σε μουσική και στίχους του Μανώλη Φάμελλου και του Κώστα Λειβαδά που έγινε και αυτός πλατινένιος. Σε ένα από τα τραγούδια στίχους έχει γράψει η Χάρις Αλεξίου ενώ συμπεριλαμβάνεται και ένα τραγούδι που τη μουσική και τους στίχους έχει γράψει – για πρώτη φορά – ο Γιάννης Κότσιρας.
Ο Γιάννης Κότσιρας έχει συμμετοχές σε δίσκους του Νίκου Πορτοκάλογλου, του Νίκου Αντύπα, του Δημήτρη Παπαδημητρίου, της Χάρις Αλεξίου, της Ελένης Τσαλιγοπούλου, ενώ συμμετείχε στα άλμπουμ-αφιερώματα στο Διονύση Σαββόπουλο, στο Γιάννη Μαρκόπουλο και στο Μίκη Θεοδωράκη.
Στις ζωντανές του εμφανίσεις έχει συνεργασθεί με την Χάρις Αλεξίου, την Ελευθερία Αρβανιτάκη, τον Βασίλη Παπακωνσταντίνου, την Ελένη Τσαλιγοπούλου, τον Δημήτρη Μπάση, τον Κώστα Μακεδόνα. Έχει πραγματοποιήσει μεγάλες καλοκαιρινές περιοδείες, με σημαντικότερες τις προσωπικές του περιοδείες τα καλοκαίρια του 2001 και του 2003 που κάλυψε πάνω από 40 σταθμούς στην Ελλάδα, την Κύπρο και την Ευρώπη.
Το 1998/1999 συμμετείχε σε συναυλίες του Γιάννη Μαρκόπουλου στο Μέγαρο Μουσικής Αθηνών, στο Στάδιο Ειρήνης και Φιλίας και στην Πάτρα.
Τον Μάιο του 2001 ερμήνευσε ως σολίστ το «ΠΝΕΥΜΑΤΙΚΟ ΕΜΒΑΤΗΡΙΟ» του Άγγελου Σικελιανού και το «ΑΞΙΟΝ ΕΣΤΙ» του Οδυσσέα Ελύτη, δύο κορυφαία έργα του Μίκη Θεοδωράκη, στο «Ωδείο Ηρώδου του Αττικού» κι αμέσως μετά τον Σεπτέμβριο στο «Θέατρο Γης» στη Θεσσαλονίκη και στο «Αρχαίο Θέατρο της Επιδαύρου».
Είναι ο πέμπτος και νεότερος ερμηνευτής του Άξιον Εστί. Η συναυλία που δόθηκε στο Ηρώδειο κυκλοφόρησε σε διπλό CD τον Δεκέμβριο του 2001. Τον Απρίλιο του 2002 μαζί με την Τάνια Τσανακλίδου ερμήνευσε έργα του Μίκη Θεοδωράκη «Επιτάφιος» και «Ρωμιοσύνη» στην Κύπρο με την Προεδρική Συμφωνική Ορχήστρα του Κρεμλίνου. Η συναυλία αυτή επαναλήφθηκε τον Ιούνιο στην Μόσχα, στην Αθήνα και στην Θεσσαλονίκη. Τον Ιούλιο του 2002 ερμήνευσε στο Ηρώδειο το έργο «Ο Ήλιος και ο Χρόνος» καθώς και την "Αρκαδία VIII» (Μιλώ - Χάρης) σε μουσική και ποίηση του Μίκη Θεοδωράκη.
Τον Νοέμβριο του 2002 ερμήνευσε στο Μέγαρο Μουσικής Αθηνών το «Δρόμο» του Μίμη Πλέσσα και του Λευτέρη Παπαδόπουλου. Η συναυλία εκδόθηκε σε CD τον Μάρτιο του 2006.
Τον Οκτώβριο του 2003 τιμήθηκε με το βραβείο “Best Selling Greek Artist” που διοργανώνεται από το ινστιτούτο World Music Awards και την IFPI και αφορά συνολικά στις πωλήσεις των δίσκων του για το 2002 και το 2003.
Τον Μάρτιο του 2004, μερικές ημέρες μετά από την τελετή αφής της φλόγας στην αρχαία Ολυμπία, κυκλοφόρησε διεθνώς το CD single «Pass The Flame», που περιέχει το επίσημο τραγούδι της Ολυμπιακής Λαμπαδηδρομίας Αθήνα 2004 το οποίο ερμήνευσε ζωντανά στην τελετή έναρξης των Ολυμπιακών Αγώνων Αθήνα 2004. Το CD single περιέχει τρεις εκδόσεις του τραγουδιού (Αγγλικά, Ελληνικά και ορχηστρική έκδοση). Ο Γιάννης Κότσιρας ερμηνεύει το τραγούδι και στις δύο γλώσσες.
Το «Pass The Flame» γράφτηκε από τον Trevor Horn, έναν συνθέτη που έχει συνδέσει το όνομά του με πολύ μεγάλους καλλιτέχνες διεθνώς (Paul Mc Cartney, Bryan Ferry, Pet Shop Boys, Art of Noise κλπ...), σε συνεργασία με τον Lol Creme, ηχογραφήθηκε στα Sarmwest Studios στο Λονδίνο και τους Ελληνικούς στίχους έγραψε η Λίνα Νικολακοπούλου.
Το Μάρτιο του 2005 συμμετέχει στην καινούρια εκδοχή των ιστορικών έργων «Σταυρός του Νότου» και «Γραμμές των Οριζόντων» του Θάνου Μικρούτσικου σε ποίηση του Νίκου Καββαδία μαζί με τον Λαυρέντη Μαχαιρίτσα, το Χρήστο Θηβαίο και τον πρώτο ερμηνευτή του έργου Γιάννη Κούτρα. Η συγκεκριμένη παράσταση έλαβε χώρα στο Μέγαρο Μουσικής Αθηνών επί 6 ημέρες με προπωλημένα όλα τα εισιτήρια. Στη συνέχεια η ίδια παράσταση θα κάνει το γύρο της Ελλάδας και θα εκδοθεί σε CD τον Οκτώβριο του 2005 το οποίο έγινε πολύ σύντομα χρυσό.
Το Σεπτέμβριο του 2006 κυκλοφορεί ο όγδοος προσωπικός του δίσκος με τίτλο «Ταξίδια φιλιά». Στον δίσκο έχουν γράψει μουσική οι: Στέργιος Γαργάλας, Χριστόφορος Γερμενής, Χρήστος Δάντης, Βαγγέλης Μαχαίρας, Τάσος Παναγής, Κυριάκος Παπαδόπουλος, Θάνος Παπανικολάου και ο Στέλιος Ρόκκος. Στίχους, εκτός από τον Γιάννη Κότσιρα, έχουν γράψει οι: Βίκυ Γεροθόδωρου, Βασίλης Γιαννόπουλος, Λίλιαν Δημητρακοπούλου, Βασίλης Μακριμίχαλος, Ζωή Παναγιωτοπούλου και ο Μάνος Ελευθερίου.
