Στις 6 Απριλίου 1941 ο Γερμανικός στρατός του Αδόλφου Χίτλερ επιτίθεται στην Ελλάδα από τα Γιουγκοσλαβικά και Βουλγαρικά σύνορα, μετά από αδυναμία του Ιταλικού στρατού του Μπενίτο Μουσολίνι να κατακτήσει τη Ελλάδα με την οποία βρισκόταν σε πόλεμο από τις 28 Οκτωβρίου 1940.
Στις περιοχές «Γραμμή Μεταξά» και στην «Γραμμή Κλειδί» δόθηκε ο κύριος αγώνας της Ελλάδας εναντίον των Γερμανών εισβολέων. Η «Γραμμή Μεταξά» ήταν σειρά οχυρών (σήραγγες) κατά μήκος των ελληνο-βουλγαρικών συνόρων από τον ποταμό Νέστο ως το όρος Μπέλες κοντά στα σύνορα με τη Γιουγκοσλαβία. Η «Γραμμή Κλειδί» ήταν από την πόλη της Έδεσσας ως το δέλτα του ποταμού Βαρδάρη. Η υπεροχή των Γερμανών ήταν μεγάλη σε αριθμό στρατιωτών και πολεμικό εξοπλισμό με άρματα, φλογοβόλα κλπ, όμως ο Ελληνικός στρατός αντιστάθηκε και σε αυτήν την εισβολή σε σημείο που οι Γερμανοί εξέφρασαν το θαυμασμό τους για την ισχυρή αντίσταση των Ελλήνων στρατιωτών.
Παρόλο όμως που οι συνδυασμένες δυνάμεις Ελλάδας-Βρετανίας πολέμησαν σθεναρά, η άμυνα της χώρας ήταν αδύναμη μπροστά στο στρατό του Χίτλερ και παρά το υψηλό ηθικό των Ελλήνων στρατιωτών, το μέτωπο κατέρρευσε.
Στις 21 Απριλίου 1941 ο Γιώργος Τσολάκογλου ως διοικητής της Ελληνικής Στρατιάς Ηπείρου και Μακεδονίας υπέγραψε την άνευ όρων παράδοση του Ελληνικού Στρατού στους Γερμανούς. Οι Έλληνες στρατιώτες δεν αντιμετωπίστηκαν ως αιχμάλωτοι πολέμου και τους επετράπηκε να γυρίσουν στα σπίτια τους. Στις 25 Απριλίου 1941 ο βασιλιάς Γεώργιος Β' και η κυβέρνησή του Μανώλη Τσουδερού κατέφυγαν στην Κρήτη ενώ στις 27 Απριλίου 1941 οι Γερμανοί κατέλαβαν την πρωτεύουσα. Οι Γερμανοί με την είσοδο τους στην Αθήνα ύψωσαν τη Ναζιστική σημαία στην Ακρόπολη. Όταν ζήτησαν από τον εύζωνα που εκτελούσε χρέη σκοπού, τον Κωνσταντίνο Κουκίδη, να κατεβάσει τη σημαία εκείνος αρνούμενος να την παραδώσει στους εισβολείς τύλιξε τον εαυτό του με αυτή και πήδηξε από τον βράχο. Στις 20 Μαΐου 1941 αρχίζει η μάχη της Κρήτης. Στις 24 Μαΐου 1941 ο βασιλιάς και η κυβέρνηση εγκαταλείπουν το νησί και φεύγουν στην Αίγυπτο όπου και με την κατάληψη της Κρήτης από τους Γερμανούς την 1 Ιουνίου 1941 ολοκληρώνεται η εισβολή και κατοχή των Γερμανών στην Ελλάδα.
Όταν οι Γερμανοί κατέλαβαν την Ελλάδα, «μοιράστηκαν» τη χώρα με τους συμμάχους τους, Ιταλούς και Βουλγάρους. Έτσι η Ελλάδα βρέθηκε κάτω από τριπλή κατοχή: Οι Γερμανοί κράτησαν τις πιο στρατηγικές θέσεις: Αθήνα, Θεσσαλονίκη, Δυτική και Κεντρική Μακεδονία, νησιά Βορειο-Ανατολικού Αιγαίου, Έβρο και Κρήτη. Στους Βούλγαρους παραχώρησαν την Ανατολική Μακεδονία και την υπόλοιπη Θράκη. Στους Ιταλούς παραχώρησαν όλη την υπόλοιπη Ελλάδα: Ήπειρο, Θεσσαλία, Στερεά Ελλάδα, Πελοπόννησο, νησιά Ιονίου και νοτίου Αιγαίου.
Η οικονομία οδηγήθηκε σε πλήρη κατάρρευση.
Οι Γερμανοί δέσμευσαν τα πάντα και η προμήθεια ακόμη και των αναγκαίων τροφίμων για επιβίωση όπως ψωμί, λάδι, αλεύρι, κλπ έγινε απελπιστική. Η κατακόρυφη πτώση του χρήματος εκμηδένισε τα πάντα, η πείνα μάστιζε και αποδεκάτιζε τον σκελετωμένο πληθυσμό κάθε ηλικίας που πέθαινε από αβιταμίνωση και ασιτία. Η διανομή φαγητού γινόταν με δελτία και η έλλειψη είχε σαν επακόλουθο την μαύρη αγορά δηλαδή την πώληση των όποιων τροφίμων υπήρχαν σε τόσο υπερβολικά υψηλές τιμές, σε σημείο που ο κόσμος αναγκαζόταν να ξεπουλά τα υπάρχοντα του, ακόμα και είδη μεγάλης αξίας, για λίγα γραμμάρια ψωμί ή αλεύρι. Οι περισσότεροι νεκροί από την ασιτία κείτονταν στους δρόμους και τους μετέφεραν στα νεκροταφεία μέσα σε καρότσια, ενώ οι συγγενείς δεν δήλωναν το θάνατο τους στο ληξιαρχείο για να μην κοπεί το δελτίο τροφίμων. Πολλοί γίνονταν «σαλταδόροι» δηλαδή για επιβιώσουν έκλεβαν τρόφιμα από τους Γερμανούς με κίνδυνο να συλληφθούν και να εκτελεστούν. Οι Γερμανοί περιορίζουν την κυκλοφορία των πολιτών, την ελευθερία της σκέψης και της έκφρασης. Συλλαμβάνουν τους Έλληνες που είναι Εβραίοι στο θρήσκευμα και τους στέλνουν σε στρατόπεδα συγκέντρωσης όπου πεθαίνουν από την εξαντλητική εργασία και τα βασανιστήρια.
Κάτω από αυτές τις δύσκολες συνθήκες για τον ελληνικό λαό, γεννήθηκε η Εθνική Αντίσταση κατά των Γερμανών κατακτητών. 31 Μαΐου 1941 ο Μανώλης Γλέζος και ο Αποστόλης Σάντας με κίνδυνο της ζωής τους κατεβάζουν τη γερμανική σημαία από την Ακρόπολη. Οι μαζικές διαδηλώσεις ήταν οι πρώτες αντιδράσεις του πληθυσμού εναντίον των κατακτητών που απαντούν με πυροβολισμούς και συλλήψεις.
Ιδρύονται αντιστασιακές οργανώσεις όπως το ΕΑΜ με τον ένοπλο ΕΛΑΣ, ο ΕΔΕΣ, το Πατριωτικό Μέτωπο, η ΕΚΚΑ, πολλοί καταφεύγουν στα βουνά ως αντάρτες και οι δράσεις τους καταφέρνουν μεγάλα πλήγματα στον εχθρό. Τα μέλη των οργανώσεων έγραφαν προκηρύξεις, προέβαιναν σε δολιοφθορές, έδιναν πληροφορίες στο Στρατηγείο στη Μέση Ανατολή, έκρυβαν και φυγάδευαν πληθυσμό. Από τις πιο σημαντικές αντιστασιακές ενέργειες είναι η ανατίναξη της γέφυρας του Γοργοποτάμου στις 25 Νοεμβρίου 1942 από ενωμένες δυνάμεις του ΕΔΕΣ και του ΕΛΑΣ. Καθώς όμως η αντίσταση κορυφώνεται, οι Γερμανοί και τα τάγματα ασφαλείας (σώματα από Έλληνες συνεργάτες των Γερμανών) συλλαμβάνουν άμαχο πληθυσμό με μπλόκα, βασανίζουν και εκτελούν ως αντίποινα για τις αντιστασιακές ενέργειες. Η Καισαριανή και το Χαϊδάρι είναι οι βασικότερες περιοχές μαρτυρίου της Αθήνας καθώς εκεί βρίσκονταν το σκοπευτήριο και οι Γερμανικές φυλακές αντίστοιχα όπου οδηγούνταν οι Έλληνες και εκτελούνταν. Η κηδεία του ποιητή Κωστή Παλαμά το 1942 έμεινε ιστορική καθώς, μπροστά στους έκπληκτους Γερμανούς κατακτητές, χιλιάδες κόσμος τον συνόδευσε στην τελευταία του κατοικία, στο Α΄ νεκροταφείο Αθηνών, ψάλλοντας τον εθνικό ύμνο ως μια ακόμη ένδειξη αντίστασης.
Δυστυχώς όμως στην περίοδο της Γερμανικής κατοχής δεν έλειψαν και τα φαινόμενα των δοσίλογων και των προδοτών που συνεργάστηκαν με τους Γερμανούς και βρίσκονταν στις υπηρεσίες τους ως όργανά τους.
Στις 12 Οκτωβρίου 1944 τα Γερμανοί αποχώρισαν από την Αθήνα κατόπιν διαταγής για να μεταφερθούν στο μέτωπο της Σοβιετικής Ένωσης. Εκατοντάδες χιλιάδες άνθρωποι ξέσπασαν σε αλαλαγμούς χαράς, γιορτάζοντας τη μεγάλη στιγμή που περίμεναν τριάμισι ολόκληρα χρόνια.
Ο Τσολάκογλου συνελήφθη και παραπέμφθηκε στο 6/1945 Ειδικό Δικαστήριο, κατηγορούμενος για παράνομη συνθηκολόγηση που είχε προβεί με τον εχθρό, καθώς και για εθνική αναξιότητα για την συνεργασία του, με τις κατοχικές Δυνάμεις ως Κατοχικός Πρωθυπουργός της χώρας όπου και καταδικάστηκε σε θάνατο.
